De secundaire zuivering is een biologische zuivering. Daarbij wordt het organisch materiaal afgebroken. Bij deze afbraak worden micro-organismen, waaronder bacteriën gebruikt die het organisch materiaal als voedsel gebruiken. De micro-organismen produceren een soort slijmlaag die bescherming biedt en de zwevende organische deeltjes absorbeert. Omdat de micro-organismen zich voeden met dit afval, zullen zij toenemen, waardoor extra biologisch slib gevormd wordt. Dit slib is het belangrijkste bijproduct dat ontstaat en vormt ook één van de afvalproducten. Je kunt dit verdelen in verschillende stapjes:
Beluchtingstank
In de beluchtingstank vindt de zuivering plaats. Door zuurstof kunnen de micro-organismen het organische vuil in het water afbreken. Om te voorkomen dat het slib bezinkt in een beluchtingstank en om ervoor te zorgen dat het water in beweging blijft, wordt er een soort 'mixer' in de tank geplaatst.